Voortkomend uit een ambitieus plan uit het voorjaar van 1990 van de oprichters Zvi Maschkowski en Steven Matthijsen, vond in dat jaar het eerste festival plaats. De eerste twee festivals, in 1990 en 1991, vonden plaats in het Beauforthuis. Het festival heette in die jaren dan ook de Beaufort Muziekdagen.
Aan het eind van het tweede jaar werd duidelijk dat het Beauforthuis te klein was en dat een grotere ruimte nodig was. Toen is de stap gezet om het festival te verhuizen naar de kerk van de Evangelische Broedergemeente. Het festival veranderde van naam: de Beaufort Muziekdagen werd de Daniel Muziekdagen, vernoemd naar het Daniel Quartet. De cellist van dit kwartet, Zvi Maschkowski, was tot en met 2008 tevens artistiek leider van het festival. De leden van het Daniel Quartet gaven concerten en waren docent bij de masterclasses. Vanaf het begin is talentontwikkeling een belangrijke doelstelling geweest.
Na ruim tien jaar gaf het Daniel Kwartet geleidelijk zijn spilfunctie op en de focus van het festival verbreedde zich: meer en meer andere musici werden uitgenodigd om te komen optreden en doceren bij de masterclasses. Bij het derde lustrum in 2004 werd de naam dan ook veranderd in Zeister Muziekdagen. In datzelfde jaar ontving het Daniel Kwartet een Erepenning der Gemeente Zeist ter gelegenheid van het 15-jarig bestaan.
In de jaren na 2004 treedt het Jerusalem Quartet jaarlijks op en geven de leden van het kwartet ook masterclasses. Het was dan ook bijna vanzelfsprekend dat Alexander Pavlovsky, de eerste violist van het internationaal bekende Jerusalem Quartet in 2009 de nieuwe artistiek directeur werd. Alexander Pavlovsky is een gerenommeerd violist, maar ook een begaafd docent. Hierdoor zijn we in staat om én elk festival een fantastische concertreeks te presenteren, maar ook om talentontwikkeling op het hoogste niveau te bieden.
Onder leiding van Alexander Pavlovsky heeft het festival zich verder uitgebreid en heeft het een meer internationale reputatie gekregen.
